Trường THPT Chuyên Bến Tre được thành lập theo quyết định số 121/UB – QĐ ngày 15/02/1990 của UBND tỉnh Bến Tre.
Mới thành lập, trường THPT chuyên Bến Tre đặt tại cơ sở cũ của Trường cán bộ quản lý giáo dục chỉ có vài phòng học với ba lớp gồm 57 học sinh, 10 cán bộ giáo viên công nhân viên và thiếu thốn nhiều về các trang thiết bị dạy học.
Bằng sự quan tâm sâu sắc của các cấp lãnh đạo, trường THPT chuyên Bến Tre đã không ngừng lớn mạnh. Đến nay trường đã có một cơ ngơi tương đối khang trang với đội ngũ gồm 68 cán bộ, giáo viên, công nhân viên, 22 lớp chuyên và hơn 650 học sinh.
Trường THPT Chuyên Bến Tre tuy còn nhiều khó khăn nhưng đã phát huy được truyền thống cần cù, thông minh, hiếu học của quê hương xứ dừa để tạo nên những thành tích khá tốt về giảng dạy và học tập góp phần vào sự phát triển chung của nền giáo dục của Tỉnh, tạo được niềm tin của các cấp lãnh đạo và của quần chúng nhân dân.
Trong quá trình hoạt động, trường THPT chuyên Bến Tre đã tự khẳng định vị trí của một trường chuyên của Tỉnh, là lá cờ đầu trong phong trào thi đua ”Dạy tốt và học tốt” cấp THPT, tạo được uy tín với các trường chuyên khác trong khu vực Đồng bằng sông Cửu Long. Với những thành tích đã đạt được, trường THPT chuyên Bến Tre vinh dự được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương lao động hạng ba vào năm 2003, hạng nhì vào năm 2009 và hai lần nhận được Cờ thi đua của chính phủ vào các năm 2002 và năm 2008.
Tháng 7 năm 2009, UBND Tỉnh đã có chủ trương xây dựng mới một trường THPT chuyên Bến Tre khang trang với quy mô lớn.
* Sứ mạng của trường được xác định: “Trường THPT chuyên Bến Tre là nơi đào tạo, bồi dưỡng những học sinh giỏi của Tỉnh, tạo tiền đề cho việc bồi dưỡng nguồn nhân lực cho Tỉnh và cho đất nước sau này ”
* Tầm nhìn:
“Đạt mục tiêu chất lượng giáo dục toàn diện nhằm tạo tạo điều kiện thuận lợi để học sinh có thể trúng tuyển vào đại học với tỉ lệ cao nhất và đạt kết quả cao trong các kỳ thi học sinh giỏi quốc gia và quốc tế đáp ứng yêu cầu tạo nguồn nhân lực cho Tỉnh trong tương lai.